Live-seq: секвенирование транскриптома живых клеток и ограничения метода
Краткое изложение авторской публикации врача в сообществе «Врачи РФ» от .
Автор материала описывает Live-seq — метод анализа транскриптома, при котором у живой клетки берут часть цитоплазмы для секвенирования РНК. Такой подход позволяет повторно исследовать клетку после воздействия, не разрушая ее при первом заборе материала.
В опытах биопсия составляла 40–70 процентов объема цитоплазмы; после процедуры выживали 85–88 процентов клеток, а их объем восстанавливался за 100–320 минут. На трех мышиных клеточных линиях с помощью Live-seq выявили экспрессию более чем 4100 генов и проследили изменения после стимуляции липополисахаридом или запуска дифференцировки. Автор отмечает, что метод уступал секвенированию РНК разрушенных клеток по чувствительности: при сравнении обнаружили около 80 процентов дифференциально экспрессируемых генов. Контрольные опыты показали изменение экспрессии 12 генов после биопсии без стимуляции.
Главное
- Live-seq исследует транскриптом живой клетки по РНК, полученной из части ее цитоплазмы.
- После биопсии выживали 85–88 процентов клеток, а объем цитоплазмы восстанавливался за 100–320 минут.
- На трех мышиных клеточных линиях Live-seq выявил экспрессию более чем 4100 генов.
- При сравнении с секвенированием РНК разрушенных клеток выявили около 80 процентов дифференциально экспрессируемых генов.
- Без стимуляции после биопсии обнаружили изменение экспрессии 12 генов.
Подготовлено автоматически с помощью ИИ, возможны неточности. Полный просмотр материала доступен только для медицинских специалистов с высшим медицинским образованием.
Войти Регистрация