Модель COMPASS прогнозирует ответ опухолей на ингибиторы контрольных точек

Международная группа исследователей представила в Nature Medicine нейросетевую модель COMPASS, которая по транскриптому опухоли прогнозирует ответ на ингибиторы контрольных точек иммунного ответа. Модель переводит профиль экспрессии генов в 44 иммунологических признака и обучалась на 10 184 опухолях 33 типов. На 16 клинических когортах (7 видов рака, 6 ингибиторов) COMPASS превзошла 22 существующих метода: средняя точность выросла на 8,5 п.п., площадь под кривой точность–полнота — на 15,7 п.п. Для предсказанных «ответчиков» отношение рисков по общей выживаемости составило 4,7 (p<0,0001). Модель также работала на типах рака и препаратах, не входивших в обучающую выборку. Ограничения — анализ bulk-транскриптомики и валидация в основном на ретроспективных когортах. Клинического применения модель пока не нашла, валидацию в российской популяции она не проходила.