SEPATH для поиска бактерий и вирусов в геномах опухолей
Краткое изложение публикации в сообществе «Врачи РФ» от .
Исследователи Университета Восточной Англии разработали алгоритм SEPATH для выявления бактериальной и вирусной ДНК в данных секвенирования опухолей. Алгоритм объединяет две программы для анализа геномов — mOTUs2 и Kraken; F-мера качества классификации для них составила 0,9 и 0,91 соответственно.
Разработчики сравнили более 70 сочетаний инструментов и настроек на 100 модельных геномах, а затем проверили SEPATH на данных секвенирования рака желудка и шейки матки. Помимо ожидаемых микроорганизмов, в образцах рака шейки матки алгоритм выявил трепонемы, а в большинстве наборов данных по раку желудка — гены вирусов рода Lymphocryptovirus, к которому относится вирус Эпштейна — Барр. Эти находки рассматриваются как потенциально значимые для изучения связи патогенов с опухолями, а не как доказательство причинной роли микроорганизмов.
Главное
- SEPATH объединяет программы mOTUs2 и Kraken для поиска ДНК патогенов в данных секвенирования опухолевой ткани.
- F-мера качества классификации mOTUs2 составила 0,9, а Kraken — 0,91.
- Алгоритм проверили на данных секвенирования образцов рака желудка и шейки матки.
- В наборах данных по раку шейки матки обнаружили трепонемы, а в большинстве наборов по раку желудка — гены вирусов рода Lymphocryptovirus.
Подготовлено автоматически с помощью ИИ, возможны неточности. Полный просмотр материала доступен только для медицинских специалистов с высшим медицинским образованием.
Войти Регистрация